图像分割评估指标——表面距离计算库
文章目录
- 一、简介
- 二、安装
- 三、计算各类度量
- 四、公开竞赛中的度量
一、简介
当我们评价图像分割的质量和模型表现时,经常会用到各类表面距离的计算。这里推荐一个deepmind的表面距离度量计算库surface-distance。
这个库主要包含了以下几个表面距离计算:
- Average surface distance 平均表面距离
- Hausdorff distance 豪斯多夫距离
- Surface overlap 表面重叠度
- Surface dice 表面dice值
- Volumetric dice 三维dice值
二、安装
git clone https://github.com/deepmind/surface-distance.git
cd surface-distance
修改surface_distance文件夹下的__init__.py文件中的第16行
from metrics import *
改为
from .metrics import *
然后
pip install .
为了测试是否安装成功, 运行
python surface_distance_test.py
如果出现下面的输出说明安装成功
[ RUN ] SurfaceDistanceTest.testEmptyGroundTruthMask
[ OK ] SurfaceDistanceTest.testEmptyGroundTruthMask
[ RUN ] SurfaceDistanceTest.testEmptyPredictionMask
[ OK ] SurfaceDistanceTest.testEmptyPredictionMask
[ RUN ] SurfaceDistanceTest.testSinglePixels2mmAway
[ OK ] SurfaceDistanceTest.testSinglePixels2mmAway
[ RUN ] SurfaceDistanceTest.testTwoCubes
[ OK ] SurfaceDistanceTest.testTwoCubes
三、计算各类度量
该计算库的调用API都是类似的,首先调用compute_surface_distances这个函数计算出中间结果,再用这个中间结果去计算各类距离。compute_surface_distances的参数有三个,mask_gt和mask_pred分别为ground truth和prediction的volume,spacing_mm是每个轴的体素间距。体素间距是医疗影像上常见的一个参数,它的含义是,图像中相邻的两个体素(即两个点)间的直线距离转换为现实中的距离是多少毫米。例如,一个shape为(256, 256, 64)的array,spacing_mm为(1.1, 1.1, 3),实际表示的是 (281.6mm, 281.6mm, 192mm) 大小的块。体素间距不同,计算得到的surface distance也不同。如果不确定自己的数据体素间距是多少,就设为(1.0, 1.0, 1.0)。
- 3D Volume的表面定义:对于一个体素,如果在其18邻域范围(请看上图,在3x3的方阵中,橘黄色方块表示当前体素,除了红色方块外,其他的都属于邻域范围)内至少有一个像素不是物体,则认为该体素属于表面,依次遍历所有的体素便得到volume的表面。
- 表面距离:设P为prediction的表面点集,G为ground truth的Volume表面点集,P中任意一点的表面距离为该体素到G中所有体素的欧式距离的最小值,依次遍历P中所有的点即可得到表面距离。
Average surface distance 平均表面距离
顾名思义,这个指标就是P中所有点的表面距离的平均。这个指标又可称为Average Symmetric Surface Distance (ASSD),它也是医疗图像分割竞赛CHAOS中的一个评估指标。平均表面距离的计算代码如下:
import surface_distance as surfdistsurface_distances = surfdist.compute_surface_distances(mask_gt, mask_pred, spacing_mm=(1.0, 1.0, 1.0))
avg_surf_dist = surfdist.compute_average_surface_distance(surface_distances)
Hausdorff distance 豪斯多夫距离
关于这个距离的计算,很多人都讲的不是非常清晰,甚至有很多人介绍的是错的。这里我介绍一个比较简单清晰的计算流程,请对照下图阅读。
- 给定两个点集合A{ a0, a1, … }和B{ b0, b1, b2, …}
- 取A集合中的一点a0,计算a0到B集合中所有点的距离,保留最短的距离d0
- 遍历A集合中所有点,图中一共两点a0和a1,计算出d0和d1
- 比较所有的距离{ d0, d1 },选出最长的距离d1
- 这个最长的距离就是h,它是A→B的单向豪斯多夫距离,记为h( A, B )
- 对于A集合中任意一点a,我们可以确定,以点a为圆心,h为半径的圆内部必有B集合中的点
- 交换A集合和B集合的角色,计算B→A的单向豪斯多夫距离h( B, A ),选出h( A, B )和h( B, A )中最长的距离,就是A,B集合的双向豪斯多夫距离
豪斯多夫距离95%的计算代码如下:
import surface_distance as surfdistsurface_distances = surfdist.compute_surface_distances(mask_gt, mask_pred, spacing_mm=(1.0, 1.0, 1.0))
hd_dist_95 = surfdist.compute_robust_hausdorff(surface_distances, 95)
compute_robust_hausdorff这个函数的第二个参数表示最大距离分位数,取值范围为0-100,它表示的是计算步骤4中,选取的距离能覆盖距离的百分比,例如我这里选取了95%,那么在计算步骤4中选取的不是最大距离,而是将距离从大到小排列后,取排名为5%的距离。这么做的目的是为了排除一些离群点所造成的不合理的距离,保持整体数值的稳定性。
Surface overlap 表面重叠度
给定一个容许的误差距离,在此容差范围内的表面视作重叠部分,计算mask_gt和mask_pred的表面重叠比例。表面重叠度的计算代码如下:
import surface_distance as surfdistsurface_distances = surfdist.compute_surface_distances(mask_gt, mask_pred, spacing_mm=(1.0, 1.0, 1.0))
surface_overlap = surfdist.compute_surface_overlap_at_tolerance(surface_distances, 1)
compute_surface_overlap_at_tolerance函数的第二个参数表示容许误差,以mm为单位,例如我这里选择了1,那么容许误差也就是空间欧氏距离小于1mm的点都会被当做是重叠部分。注意,这里返回的surface_overlap有两个值,分别代表pred->gt和gt->pred的重叠比例。大多数情况下这两个比例是相等的,但是在某些情况下是不同的。
Surface dice 表面dice值
给定一个容许的误差距离,在此容差范围内的表面视作重叠部分,计算mask_gt和mask_pred的表面重叠dice值。表面dice值的计算代码如下:
import surface_distance as surfdistsurface_distances = surfdist.compute_surface_distances(mask_gt, mask_pred, spacing_mm=(1.0, 1.0, 1.0))
surface_dice = surfdist.compute_surface_dice_at_tolerance(surface_distances, 1)
compute_surface_dice_at_tolerance这个函数的第二个参数跟表面重叠度函数的第二个参数是一样的用法。该函数的返回值只有一个,因为pred->gt和gt->pred的表面dice是相同的。
Volumetric dice 三维dice值
计算pred与gt之间的三维dice值。注意,这与上面计算的表面dice不同,三维dice值会考虑空间中的每一个点而不仅仅是表面。三维dice的计算代码如下:
import surface_distance as surfdistvolume_dice = surfdist.compute_dice_coefficient(mask_gt, mask_pred)
该函数的返回值为0~1之间的float值,如果gt和pred均为空,那么会返回NAN值。
四、公开竞赛中的度量
这边统计一些公开竞赛中所选取的metric,不在surfdist库里的metric将加以括号。
- CHAOS: Volumetric dice, Average surface distance, ( Relative absolute volume difference ), ( Maximum symmetric surface distance )
- StructSeg: Volumetric dice, Hausdorff distance 95%
- RT-MAC: Volumetric dice, Average surface distance, Hausdorff distance 95%
- KiTS19: Volumetric dice
- SegTHOR: Volumetric dice, Hausdorff distance 95%
etric dice
- SegTHOR: Volumetric dice, Hausdorff distance 95%
这边可以看出,Volumetric dice和Hausdorff distance 95%是最常用的两种metric,推荐大家在评估自己的模型的时候优先使用这两种。
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2022/11/19 21:17:14 - win7 正在配置 请勿关闭计算机,怎么办Win7开机显示正在配置Windows Update请勿关机...
置信有很多用户都跟小编一样遇到过这样的问题,电脑时发现开机屏幕显现“正在配置Windows Update,请勿关机”(如下图所示),而且还需求等大约5分钟才干进入系统。这是怎样回事呢?一切都是正常操作的,为什么开时机呈现“正…...
2022/11/19 21:17:13 - 准备配置windows 请勿关闭计算机 蓝屏,Win7开机总是出现提示“配置Windows请勿关机”...
Win7系统开机启动时总是出现“配置Windows请勿关机”的提示,没过几秒后电脑自动重启,每次开机都这样无法进入系统,此时碰到这种现象的用户就可以使用以下5种方法解决问题。方法一:开机按下F8,在出现的Windows高级启动选…...
2022/11/19 21:17:12 - 准备windows请勿关闭计算机要多久,windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机怎么办...
有不少windows10系统用户反映说碰到这样一个情况,就是电脑提示正在准备windows请勿关闭计算机,碰到这样的问题该怎么解决呢,现在小编就给大家分享一下windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机的具体第一种方法:1、2、依次…...
2022/11/19 21:17:11 - 配置 已完成 请勿关闭计算机,win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机”的解决方法...
今天和大家分享一下win7系统重装了Win7旗舰版系统后,每次关机的时候桌面上都会显示一个“配置Windows Update的界面,提示请勿关闭计算机”,每次停留好几分钟才能正常关机,导致什么情况引起的呢?出现配置Windows Update…...
2022/11/19 21:17:10 - 电脑桌面一直是清理请关闭计算机,windows7一直卡在清理 请勿关闭计算机-win7清理请勿关机,win7配置更新35%不动...
只能是等着,别无他法。说是卡着如果你看硬盘灯应该在读写。如果从 Win 10 无法正常回滚,只能是考虑备份数据后重装系统了。解决来方案一:管理员运行cmd:net stop WuAuServcd %windir%ren SoftwareDistribution SDoldnet start WuA…...
2022/11/19 21:17:09 - 计算机配置更新不起,电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?
原标题:电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?win7系统中在开机与关闭的时候总是显示“配置windows update请勿关闭计算机”相信有不少朋友都曾遇到过一次两次还能忍但经常遇到就叫人感到心烦了遇到这种问题怎么办呢?一般的方…...
2022/11/19 21:17:08 - 计算机正在配置无法关机,关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机...
关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!关机提示 windows7 正在配…...
2022/11/19 21:17:05 - 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...
钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...
2022/11/19 21:17:05 - 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...
前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了,具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面,长时间没反应,无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过,网上搜了不少资料&#x…...
2022/11/19 21:17:04 - 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...
本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法,并在最后教给你1种保护系统安全的好方法,一起来看看!电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中,添加了1个新功能在“磁…...
2022/11/19 21:17:03 - 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...
许多用户在长期不使用电脑的时候,开启电脑发现电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢?下面小编就带着大家一起看看吧!如果能够正常进入系统,建议您暂时移…...
2022/11/19 21:17:02 - 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...
配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...
2022/11/19 21:17:01 - 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...
不知道大家有没有遇到过这样的一个问题,就是我们的win7系统在关机的时候,总是喜欢显示“准备配置windows,请勿关机”这样的一个页面,没有什么大碍,但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机,非常…...
2022/11/19 21:17:00 - 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...
当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时,一般是您正对windows进行升级,但是这个要是长时间没有反应,我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了,来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...
2022/11/19 21:16:59 - 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...
我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况,当我们打开电脑之后,发现一直停留在一个界面:“配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机”,等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢࿰…...
2022/11/19 21:16:58 - 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”
Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...
2022/11/19 21:16:57