简介

简单的数字病理图像分类。首先将分为三个数据集,训练集,验证集,和测试集。这三个数据集由同一种类不同的图片切割组合。训练集由两个图片切割的小图片组成 ,验证集由另一个该类别的图片切割的小图片组成,测试集由另一个该类别的图片切割的小图片组成。
在训练集中类别1的有24张,类别0的有29张。测试集中包含15张有病的图片,一张没有标记的图片。利用resnet18对这些图片进行二分类。

图片的剪裁

由于病理图像很大,需要对其进行剪裁。病理图像为.svs图片,很大,我们需要借助openslide来处理这些图像。病理图片上有标注,哪些是患病区域,同时每个.svs对应的都有一个.xml标注文件。首先将.xml文件生成.svs对应的掩膜图像。将对应标注有病的区域为白色,其他没有标注的区域为黑色,将掩膜和.svs对应起来,在切割的过程中,如果掩膜对应区域的白色像素个数的总和大于要切割面积的一半,就切割.svs对应的区域,保存切割下来的图片在train/1文件夹下。如果白色区域的面积过小,则丢弃该图片。对于黑色区域,我们要区分该区域是有图像还是空白的,判断依据是根据.svs对应区域的像素值来判断。
图片切割大小的选择:原始的.svs图片很大,且大多数.svs上的标注有的是小的连通区域,有的是大的连通区域,而且图片中的空白区域也较多。因此,将切割图片的大小设置为2000,3000,4500.对比切割之后的效果发现,4500大小的结果最好,切割的标记不是那么的边边角角,2000,3000,太小。

切割有病区域的图片:

    for i in range(len(names)):#paths=os.path.join('./Image/1/svs/', names[i] + '.svs')na=names[i]slide = openslide.OpenSlide(os.path.join('./Image/1/svs/', names[i] + '.svs'))IM_ROWS = slide.dimensions[1]  # 对应图像的高IM_COLS = slide.dimensions[0]Image.MAX_IMAGE_PIXELS = Nonetumor_mask = np.array(Image.open('./Image/1/mask' + '/' + names[i] + '.png'))#image = openslide.OpenSlide(paths)  # 读取svsfor i in range(0, IM_ROWS - cut_size, spacing):for j in range(0, IM_COLS - cut_size, spacing):tumor_mask_np = tumor_mask[i:i + cut_size, j:j + cut_size]if (tumor_mask_np == 255).sum() >= area:save_name = '{}_{}_{}_{}.png'.format(na, i, j, cut_size)#剪裁图片命名字#image=image[j:j+cut_size,i:i+cut_size]#剪裁对应位置的图片save_path2=os.path.join(save_path,save_name)#剪裁有病图片的存储路径#cv2.imwrite(save_name,image)try:img = np.array(slide.read_region((j, i), 0, (cut_size, cut_size)), dtype=np.uint8)[..., 0:3]except:slide.close()slide = openslide.OpenSlide('./Image/1/svs' + '/' + names[i] + '.svs')continueImage.fromarray(img).save(save_path2)

在剪裁图片的过程中要将 Image.MAX_IMAGE_PIXELS 的值设置为None,否则的话会报超出范围的错误,带不开图片。

使用Resnet18进行二分类

使用迁移学习:

model=models.resnet18(pretrained=True)
for para in model.parameters():para.require_grad=False
model.fc=nn.Linear(512,2)

数据预处理:
只进行了简单的数据预处理

normalize = transforms.Normalize(mean=[0.485, 0.456, 0.406], std=[0.229, 0.224, 0.225])
transform = transforms.Compose([transforms.Resize(size=(227, 227)),transforms.RandomRotation(20),transforms.RandomHorizontalFlip(),transforms.ToTensor(),normalize
])

由于图片数量较少,所以batch_size也设置的相对较少,batch_size=4,epoch=100.
利用迁移学习,将已经训练好的resnet18迁移过来,改变最后一层全连接层的输出。损失函数使用的是CrossEntropyLoss,optimizer使用的是Adam,,learning rate 是0.01.
训练的结果:发现当epoch为55左右的时候准确率很高了
在这里插入图片描述
验证集和测试集的结果
在这里插入图片描述

使用Vgg网络进行分类

训练的结果:当epoch为100时训练效果仍然不好,loss仍然很大,爱acc也不高,调整learning rate为0.001.效果仍然不好,所以增大epoch,改变optimizer为SGD,修改learning rate继续训练。

验证和测试的结果:
在这里插入图片描述
从测试的结果来看,resnet的效果较好。

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    2022/11/19 21:17:13
  30. 准备配置windows 请勿关闭计算机 蓝屏,Win7开机总是出现提示“配置Windows请勿关机”...

    Win7系统开机启动时总是出现“配置Windows请勿关机”的提示&#xff0c;没过几秒后电脑自动重启&#xff0c;每次开机都这样无法进入系统&#xff0c;此时碰到这种现象的用户就可以使用以下5种方法解决问题。方法一&#xff1a;开机按下F8&#xff0c;在出现的Windows高级启动选…...

    2022/11/19 21:17:12
  31. 准备windows请勿关闭计算机要多久,windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机怎么办...

    有不少windows10系统用户反映说碰到这样一个情况&#xff0c;就是电脑提示正在准备windows请勿关闭计算机&#xff0c;碰到这样的问题该怎么解决呢&#xff0c;现在小编就给大家分享一下windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机的具体第一种方法&#xff1a;1、2、依次…...

    2022/11/19 21:17:11
  32. 配置 已完成 请勿关闭计算机,win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机”的解决方法...

    今天和大家分享一下win7系统重装了Win7旗舰版系统后&#xff0c;每次关机的时候桌面上都会显示一个“配置Windows Update的界面&#xff0c;提示请勿关闭计算机”&#xff0c;每次停留好几分钟才能正常关机&#xff0c;导致什么情况引起的呢&#xff1f;出现配置Windows Update…...

    2022/11/19 21:17:10
  33. 电脑桌面一直是清理请关闭计算机,windows7一直卡在清理 请勿关闭计算机-win7清理请勿关机,win7配置更新35%不动...

    只能是等着&#xff0c;别无他法。说是卡着如果你看硬盘灯应该在读写。如果从 Win 10 无法正常回滚&#xff0c;只能是考虑备份数据后重装系统了。解决来方案一&#xff1a;管理员运行cmd&#xff1a;net stop WuAuServcd %windir%ren SoftwareDistribution SDoldnet start WuA…...

    2022/11/19 21:17:09
  34. 计算机配置更新不起,电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?

    原标题&#xff1a;电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办&#xff1f;win7系统中在开机与关闭的时候总是显示“配置windows update请勿关闭计算机”相信有不少朋友都曾遇到过一次两次还能忍但经常遇到就叫人感到心烦了遇到这种问题怎么办呢&#xff1f;一般的方…...

    2022/11/19 21:17:08
  35. 计算机正在配置无法关机,关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机...

    关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 &#xff0c;然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容&#xff0c;让我们赶快一起来看一下吧&#xff01;关机提示 windows7 正在配…...

    2022/11/19 21:17:05
  36. 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...

    钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...

    2022/11/19 21:17:05
  37. 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...

    前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了&#xff0c;具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面&#xff0c;长时间没反应&#xff0c;无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过&#xff0c;网上搜了不少资料&#x…...

    2022/11/19 21:17:04
  38. 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...

    本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法&#xff0c;并在最后教给你1种保护系统安全的好方法&#xff0c;一起来看看&#xff01;电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中&#xff0c;添加了1个新功能在“磁…...

    2022/11/19 21:17:03
  39. 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...

    许多用户在长期不使用电脑的时候&#xff0c;开启电脑发现电脑显示&#xff1a;配置windows更新失败&#xff0c;正在还原更改&#xff0c;请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢&#xff1f;下面小编就带着大家一起看看吧&#xff01;如果能够正常进入系统&#xff0c;建议您暂时移…...

    2022/11/19 21:17:02
  40. 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...

    配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#xff0c;电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容&#xff0c;让我们赶快一起来看一下吧&#xff01;配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...

    2022/11/19 21:17:01
  41. 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...

    不知道大家有没有遇到过这样的一个问题&#xff0c;就是我们的win7系统在关机的时候&#xff0c;总是喜欢显示“准备配置windows&#xff0c;请勿关机”这样的一个页面&#xff0c;没有什么大碍&#xff0c;但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机&#xff0c;非常…...

    2022/11/19 21:17:00
  42. 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...

    当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时&#xff0c;一般是您正对windows进行升级&#xff0c;但是这个要是长时间没有反应&#xff0c;我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了&#xff0c;来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...

    2022/11/19 21:16:59
  43. 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...

    我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况&#xff0c;当我们打开电脑之后&#xff0c;发现一直停留在一个界面&#xff1a;“配置Windows Update失败&#xff0c;还原更改请勿关闭计算机”&#xff0c;等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢&#xff0…...

    2022/11/19 21:16:58
  44. 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”

    Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...

    2022/11/19 21:16:57