1.软件安装和数据库准备

继续conda，解决软件安装难题，也不需要挑战有些门槛的docker。

# 安装conda install hla-la# 数据库下载cd ~/miniconda3/opt/hla-la/mkdir graphswget http://www.well.ox.ac.uk/downloads/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz
tar -xvzf PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz
# 数据库索引，这步要耗30G的内存。。。，我这16G ram的笔记本靠swap扛着，速度就慢了不只一点了
cd ~/miniconda3/opt/hla-la/bin/./HLA-LA --action prepareGraph --PRG_graph_dir ../graphs/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT

2.用起来，分型

就简单的几个参数，8核，速度也就慢慢跑了，不知道会不会报错。

HLA-LA.pl --BAM ./2hla_sorted.bam   --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID 10 --maxThreads 8  --workingDir ./

然后在swap+ram达到极限的70G的时候停止运行了。
gihub上看到这个issue我有点绝望了，我的硬件达不到这水平呀！

my paired-end fastq file:
R1.fastq (250 Million reads, 150bp, ~1.2 GB)
R2.fastq (250 Million reads, 150bp, ~1.2 GB)
run HLA-LA will used about 300~400 GB RAM and ~90GB swap