我们知道阅读学术文献、管理学术文献、整理学术文献是我们跟文献打交道时的必经三部曲。下面给大家分析一下主流文献管理软件优缺点。
一、Endnote
EndNote 的功能强大自不必说。强大到何种程度，几乎没有它不能解决的问题，即使某些变态的极 其复杂的引文和输出格式，也能轻松应对。
除此之外，EndNote 的强大之处还在于其自定义特性，通过自定义 EndNote 的输出格式，滤件和连 接论文件。 但是 EndNote 也有很多不足，比如分组只支持二级目录，EndNote 也不支持标签。相比之下的 Zotero 这方面就强大的多，可以支持多级分类目录，还可以为文献打标签。
其实这也都不是事儿，最主要的是 EndNote 是商业软件，对于普通个人用户，太贵了。不过 EndNote 厚道之处在于没有验证机制，只要有授权文件就能用，而且网上的授权文件一找就能找到。最著名的 应该是同济大学的授权文件了，真是造福了不少穷学生。
二、Mendeley
Mendeley 功能非常强大，总起来说 Mendeley 有以下特点。
1.免费，这个比较重要。
2.支持多平台。迄今 Mendeley 有网页版，Windows 版，Mac 版，Linux 版，甚至还有 iPhone，iPad， iPod 版。
3.支持 Microsoft Word, LibreOffice, and LaTeX 等软件。
4.支持 PDF 标记。可以直接在 PDF 文档中做相应的标记和注释，这样文章重点部分就可以重点突出 了，下次再看时就知道重点和难点了。
5.支持从其它参考文献管理软件导入文献，现在支持 EndNote, Papers 和 Zotero。
6.可以组织管理文献，通过文件夹的形式把文献分类，管理起来文献简单明了。
7.可以和同事们分享文献，甚至注释和标记也可以分享。这样大家协作起来更方便。
8.支持网络备份，而且多个平台之间支持同步。
9.支持 PDF 文件导入并自动提取文章信息，支持自动导入特定文件夹内的文献。
10.强大的搜索功能，可以搜索 PDF 全文。 11.强大的社区功能。这才是 Mendeley 的精髓所在。现在新兴的文献评价标准 Altmetric 参考因素 之一就包括 Mendeley 的社区功能，如利用 Plum Metrics 评价系统了解论文的关注度分享情况。 ResearchGate 科研人员自己的 FaceBook 其中一项指标也包括 Mendeley 的社区。
三、Zotero
Zotero 是一个开放源代码的文献管理软件。
Zotero 特色之处是可以作为浏览器插件进行使用。本地 的 Zotero 的文献数据库还可以免费上传到 Zotero 的网络服务器上，并且不受空间大小限制。
但是 本地的 Zotero 的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero 的网络服务器仅为每用户提供 300M 免费存储容量。
2008 年, 汤森路透起诉 Zotero 侵犯了 EndNote 的最终用户许可协议 (EULA)，逆向工程了 EndNote，提供了 Zotero 把 EndNote 私有的 .ens 风格转换为 Citation Style Language 风格。 Zotero 相比于 EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多 个子目录。这样管理起来文献就方便多了，而 EndNote 只支持二级目录。
Zotero 还支持文献的标签功能。为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加 了文献管理功能。
不过 Zotero 的插入引文和参考文献相比于 EndNote 来就弱了许多，支持的输出格式也相对有效， 只是支持几个大类的输出格式，并没有具体的杂志格式。可能我的理解有错误，但是至少现在我还没 找到修改或者添加引文格式的方法。
四、JabRef
JabRef 是一个开放源代码、处理 BibTeX 格式的文献管理软件，提供了简易操作的界面来编辑 BibTeX 档案。 功能包含从网络上的科学数据库汇入资料，以及整理和搜寻 BibTeX 档案等。
JabRef 的发布遵循 GNU 通用公共授权条款。
软件则是用 Java 作编程，可以使用于各种操作系统， 如 Windows、Linux、Mac OS X。 JabRef 最初的版本发布于 2003 年 11 月 29 日。其名称 JabRef 代表着 Java、Alver、Batada、 Reference。其中 Alver 和 Batada 分别为 Morten O. Alver 和 Nizar Batada，两位最初的开发者。
五、NoteExpress
NoteExpress 是北京爱琴海软件公司开发的一款专业级别的文献检索与管理系统，其核心 功能涵盖“知识采集，管理，应用，挖掘”的知识管理的所有环节，是学术研究，知识管理 的必备工具，发表论文的好帮手。
优点：

1. 已经做好了许多国内杂志的格式，不用自己再去建立新样式
2. 支持笔记功能，可以随时对感兴趣的参考文献作别笔记，并可进行分类管理
3. 提供相关检索历史保存功能
   缺点：
   1）收费软件。（网上有破解版）
4. 不具有内置的 PDF 阅读器
5. 不具备网络同步功能
   六、CNKI E-Study
   CNKI E-Study 是中国知网官方推出的科研工具，不仅具备了文献管理功能，还具备了在线投稿和写 作功能。所以中国知网将其定义为“学习与研究平台”。
   E-Study 支持多类型文件的分类管理，支持目前全球主要学术成果文件格式，包括：CAJ、KDH、 NH、PDF、TEB 等文件的管理和阅读。 新增图片格式文件和 TXT 文件的预览功能。 支持将 WORD、 PPT、TXT 转换为 PDF。
   E-Study 支持将文献内的有用信息记录笔记，并可随手记录读者的想法、问题和评论等；支持笔记的 多种管理方式：包括时间段、标签、笔记星标；支持将网页内容添加为笔记。
   基于中国知网平台，E-Study 能够非常方面的与中国知网的资源库进行对接，支持 CNKI 学术总库检 索、CNKI Scholar 检索等，将检索到的文献信息直接导入到学习单元中；根据用户设置的帐号信息， 自动下载全文，不需要登录相应的数据库系统。
   七、Citavi Citavi
   来自瑞士 Swiss Academic Software 公司。其定位于“知识管理软 件”，在欧洲被广泛使用。
   它不仅仅是一款文献管理软件，而且整合了知识管理、 任务计划、PDF 原文全文搜索、笔记等科研工作中的亟需功能，可以说是科研工 作的瑞士军刀！
   优点：
   1）可以搜索超过 4800 个图书馆目录和所有主要的信息提供者的数据库。
   2）让你添加 PDF 格式的文章作为参考，查找自己的书目信息，网上全文检索。
   3）支持创建 PDF 格式的网页截图。
   4）支持插入正确格式的引文和参考书目。
   5)阅读整理笔记方面，可以深度整合 pdf 备注功能
   6)Citavi 6 支持云同步、在线团队聊天、在线分享协作！
   缺点：
    需要导入数据库： 这个问题还是挺严重的，因为你利用 citavi 是检索数据库中的文献， 但是对于一个初学者来说，入门可能存在困难
    本地文献导入麻烦：因为数据库的问题，我很多中文文献是直接从知网上下载然后导入， 但是导入的时候论文的信息很麻烦。基本上会自动把作者认为是 CNKI，然后文件名作为书 名，其他信息基本没有，就需要手动更改和导入。文献少一点还好说，多了以后简直是作死。
    共享问题：软件完全保存在本地，没有云功能（付费版超级贵），所以现在我有什么论 文要分享给组内其他人的时候就还是只能这边把论文文件直接发过去，然后他再导入一遍… 或者直接把我的整个 project 发过去，他可以一次性完全导入，但是，我没发现一种方法能 只导入一篇论文…多个 project 明明就更混乱好嘛！ (╯‵□′)╯︵┻━┻
    打开 word 的速度让我想死：每次加载那个插件要加载半天，直接拖慢了我打开 word 的 速度