首先我要说明，browser端的代码都是明文，不存在编译反编译一说。如果要保密的话，可以使用js代码压缩工具使得代码不可读，但是也有工具可以反压缩，例如http://jsbeautifier.org。所以，如果重要逻辑放在browser端肯定是没有任何保密性可言的。这就是为什么大多数javascript框架都是开源的，因为它天生是开源的。
但是，放在服务器端的程序，则是保密的。除非服务器被黑客入侵了。所以一般来讲，都会将重要的逻辑放在服务器端实现。目前我还没有研究过如何把服务器端的js代码加密，因为暂时没有这样的需求。现在较为流行的做法是卖服务，而不是卖程序本身。