社交网络分析的 R 基础:(五)图的导入与简单分析
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如何将存储在磁盘上的邻接矩阵输入到 R 程序中,是进行社交网络分析的起点。在前面的章节中已经介绍了基本的数据结构以及代码结构,本章将会面对一个实质性问题,学习如何导入一个图以及计算图的一些属性。
- 图的文件表示
- 导入一个图
- 生成人工网络
- 图的基本分析
图的文件表示
在计算机中,最常见的两种表示图的基本结构是邻接矩阵和邻接表。以最简单的无权无向图为例,邻接矩阵中第 ii 行第 jj 列的元素 aija_{ij} 如果等于 1,则表示顶点 ii 和顶点 jj 之间有边,即邻接矩阵将所有节点之间的关系都表示出来。邻接表则是对顶点 ii 建立一个单链表,这个单链表由顶点 ii 的所有邻居节点构成,即邻接表只是把存在关系的节点表示出来。
网络上许多公开的数据集更常使用三元组去表示一个图。下面是一个三元组的示例,以第一行的三元组 (1, 2, 1) 为例,它表示有一条从顶点 1 指向顶点 2 的边,并且该边的权重为 1。对于无权图而言,通常会省略三元组中的第三个元素。
1 2 1
1 3 -1
2 3 -1
1 4 -1
3 4 1
💡 提示
公开数据集大多数可以从下面的网站上找到:
-
Stanford Large Network Dataset Collection:http://snap.stanford.edu/data
-
The KONECT Project:http://konect.cc/networks
导入一个图
下面以 Dolphins 网络为例,将其导入到 R 程序中。Dolphins 是一个无权无向的真实网络,描述了生活在新西兰的一个峡湾附近的宽吻海豚社区,其中节点表示海豚,边表示海豚间的社会关系。将数据集下载完成后,打开名为 out
的文件。
% sym unweighted
9 4
10 6
10 7
11 1
......
在读取文件之前还需要对其进行一下修改,可以看到该文件的第一行“% sym unweighted
”是由空格分隔的三个元素,R 语言还没有太过智能,在读取到第二行时会因为只有两个元素而报错,因此需要将第一行删除。下面使用 read.table()
将文件读入到 R 程序中:
graph.edges <- read.table(file = "out.dolphins", header = FALSE)
💡 提示
也可以将 out 文件中的制表符(\t)替换成逗号(,),将文件更改为使用逗号分隔的 CSV 文件,并使用 read.csv()
函数读取。
你也许会好奇读入的 graph.edges
到底是什么东西,使用 class()
函数来看看变量的类型:
> class(graph.edges)
[1] "data.frame"
data.frame
似乎前面的章节并没有介绍,受限于研究的方向,这有可能是你唯一一次接触数据框类型,不用管它,下面将读入的数据转换为图:
> library(igraph)
> graph <- graph_from_data_frame(graph.edges, directed = FALSE)
下面画图看看导入的 Dolphins 网络:
> class(graph)
[1] "igraph"
> plot(graph)
输出一下 Dolphins 网络的规模:
> cat(sprintf("Nodes: %s\nEdges: %s\n", length(V(graph)), length(E(graph))))
Nodes: 62
Edges: 159
这里使用了两个全新的函数 V()
和 E()
,其中 V()
是获取图的点集,E()
是获取图的边集,今后的大部分分析是建立在这两个集合之上,这两个函数会伴随你的 R 语言旅程直到结束。
导入的网络可以保存为 R 文件,下次可以直接载入使用,使用同样的方法也可以持久化实验数据。
> save(graph, file = "dolphins.RData") # 保存 graph 变量
> load(file = "dolphins.RData") # 导入 RData 文件中存储的变量
生成人工网络
使用人工网络验证算法的有效性也是实验中必不可少的一环,下面介绍几种常见的人工网络结构。
- 全连接图
graph <- make_full_graph(10)
2. 树状图
graph <- make_tree(21, children = 3, mode = "undirected")
3. k-正则图
graph <- sample_k_regular(20, 3)
4. Erdos-Renyi Random
graph <- sample_gnp(20, 0.1)
5. 小世界网络
graph <- sample_smallworld(dim = 1, size = 20, nei = 2, p = 0.1)
💡 提示
其他人工结构请查看 igraph 文档:https://igraph.org/r/doc
图的基本分析
上文从导入外部网络和生成人工网络两个角度获得了 igraph
图对象,下面将使用 igraph
包中的函数对 Dolphins 网络进行简单的分析。
- 判断图的连通性
> is.connected(graph)
[1] TRUE
- 计算图的度
> degree(graph) # 计算图中所有节点的度,其中第一行为节点的名称,第二行为节点的度
9 10 11 ...
6 7 5 ...
> degree(graph, v = "9") # 计算图中部分节点的度
9
6
- 计算图的密度
> edge_density(graph)
[1] 0.0840825
- 对图的路径分析
> diameter(graph, directed = FALSE, weights = NA) # 直径
[1] 8
> radius(graph) # 半径
[1] 5
> distances(graph, v = V(graph)$name[1], to = V(graph)$name[10], algorithm = "unweighted", weights = NA) # 计算节点间的最短距离20
9 3
> shortest_paths(graph, from = "1", to = "6", weights = NA) # 计算节点1到节点6的最短路径
$vpath
$vpath[[1]]
+ 6/62 vertices, named, from e1ce364:
[1] 1 41 37 40 58 6
- 计算图的聚类系数
> transitivity(graph, type = "average")
[1] 0.3029323
✏️ 练习
-
试着在数据集网站中下载其他网络导入到 R 程序中;
-
试着计算导入网络的平均度;
-
查找 igraph 文档,试着计算导入网络的同配系数(Assortativity)。
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2022/11/19 21:17:11 - 配置 已完成 请勿关闭计算机,win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机”的解决方法...
今天和大家分享一下win7系统重装了Win7旗舰版系统后,每次关机的时候桌面上都会显示一个“配置Windows Update的界面,提示请勿关闭计算机”,每次停留好几分钟才能正常关机,导致什么情况引起的呢?出现配置Windows Update…...
2022/11/19 21:17:10 - 电脑桌面一直是清理请关闭计算机,windows7一直卡在清理 请勿关闭计算机-win7清理请勿关机,win7配置更新35%不动...
只能是等着,别无他法。说是卡着如果你看硬盘灯应该在读写。如果从 Win 10 无法正常回滚,只能是考虑备份数据后重装系统了。解决来方案一:管理员运行cmd:net stop WuAuServcd %windir%ren SoftwareDistribution SDoldnet start WuA…...
2022/11/19 21:17:09 - 计算机配置更新不起,电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?
原标题:电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?win7系统中在开机与关闭的时候总是显示“配置windows update请勿关闭计算机”相信有不少朋友都曾遇到过一次两次还能忍但经常遇到就叫人感到心烦了遇到这种问题怎么办呢?一般的方…...
2022/11/19 21:17:08 - 计算机正在配置无法关机,关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机...
关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!关机提示 windows7 正在配…...
2022/11/19 21:17:05 - 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...
钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...
2022/11/19 21:17:05 - 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...
前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了,具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面,长时间没反应,无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过,网上搜了不少资料&#x…...
2022/11/19 21:17:04 - 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...
本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法,并在最后教给你1种保护系统安全的好方法,一起来看看!电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中,添加了1个新功能在“磁…...
2022/11/19 21:17:03 - 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...
许多用户在长期不使用电脑的时候,开启电脑发现电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢?下面小编就带着大家一起看看吧!如果能够正常进入系统,建议您暂时移…...
2022/11/19 21:17:02 - 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...
配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...
2022/11/19 21:17:01 - 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...
不知道大家有没有遇到过这样的一个问题,就是我们的win7系统在关机的时候,总是喜欢显示“准备配置windows,请勿关机”这样的一个页面,没有什么大碍,但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机,非常…...
2022/11/19 21:17:00 - 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...
当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时,一般是您正对windows进行升级,但是这个要是长时间没有反应,我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了,来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...
2022/11/19 21:16:59 - 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...
我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况,当我们打开电脑之后,发现一直停留在一个界面:“配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机”,等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢࿰…...
2022/11/19 21:16:58 - 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”
Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...
2022/11/19 21:16:57