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文章目录

  • 约束文件
  • 一、概述
  • 二、Constraint Types
    • 1. Single constraints
      • AtomPair:
  • 三、Function Types
  • 四、Code for Reading Constraints


约束文件

一、概述

Rosetta约束是对scorefunction的补充。(这相当于其他程序中的“约束”。)它们被用来对结构的几何和其他特征进行评分,而这些特征可能无法用标准评分术语来评估。例如,添加一个基于实验知识的评分偏差。

每个约束都包含两个部分:A)衡量的内容B)衡量的值如何转化为得分奖励/惩罚。这两个部分可以混合并匹配,以派生所需的行为。

为了让Rosetta正确地识别约束,必须发生两件事。首先,约束本身必须应用于pose(结构)。如何做到这一点与协议有关,但通常采用选项或参数的形式,指定哪个文件包含约束规范。(此文件的格式如下所述。)例如,通过使用ConstraintSetMover将它添加到xml脚本中。

第二个要求是,所使用的scorefunction对于适当的约束scoreterm需要具有非零权重。特定的scoreterm取决于使用的约束类型。惩罚/奖励的值由原始约束分数(来自测量值和所有约束的指定转换函数)乘以得分函数中适当scoreterm的权重之和组成。许多使用约束的协议会为您打开约束权重,但其他协议会要求您指定一个scorefunction权重文件,该文件具有非零约束条件。

二、Constraint Types

约束类型都实现为core::scoring::constraints::Constraint类的子类。

1. Single constraints

单个约束限制了单个度量的值。

AtomPair:

AtomPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Type Func_Def

score term: atom_pair_constraint

限制原子1和原子2之间的距离。AtomPairConstraint与PDB编号兼容。

三、Function Types

  • HARMONIC x0 sd
    在这里插入图片描述
  • FLAT_HARMONIC x0 sd tol
    在这里插入图片描述

四、Code for Reading Constraints

有不同的函数集用于读取全原子和非全原子约束,如下面的函数所示。两个函数之间目前唯一的区别是读取哪个命令行参数。参数值的处理是相同的。

要使用约束,得分函数和pose对象都应该更新。向打分函数添加约束的函数有:

  • core::scoring::constraints::add_fa_constraints_from_cmdline_to_scorefxn()
  • core::scoring::constraints::add_constraints_from_cmdline_to_scorefxn()

目前,这些函数只将atom_pair_constraint、angle_constraint和dihedral_constraint得分函数项的权重设置为命令行参数-constraints:cst_fa_weight或-constraints:cst_weight的值。

向pose对象添加约束的函数有:

  • core::scoring::constraints::add_fa_constraints_from_cmdline_to_pose()
  • core::scoring::constraints::add_constraints_from_cmdline_to_pose()

这些函数从-constraints:cst_fa_file或-constraints:cst_file定义的列表中读取一个随机约束文件。

还有一些方便的函数可以同时做这两件事:

  • core::scoring::constraints::add_fa_constraints_from_cmdline()
  • core::scoring::constraints::add_constraints_from_cmdline()
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    2022/11/19 21:17:10
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    只能是等着&#xff0c;别无他法。说是卡着如果你看硬盘灯应该在读写。如果从 Win 10 无法正常回滚&#xff0c;只能是考虑备份数据后重装系统了。解决来方案一&#xff1a;管理员运行cmd&#xff1a;net stop WuAuServcd %windir%ren SoftwareDistribution SDoldnet start WuA…...

    2022/11/19 21:17:09
  34. 计算机配置更新不起,电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?

    原标题&#xff1a;电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办&#xff1f;win7系统中在开机与关闭的时候总是显示“配置windows update请勿关闭计算机”相信有不少朋友都曾遇到过一次两次还能忍但经常遇到就叫人感到心烦了遇到这种问题怎么办呢&#xff1f;一般的方…...

    2022/11/19 21:17:08
  35. 计算机正在配置无法关机,关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机...

    关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 &#xff0c;然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容&#xff0c;让我们赶快一起来看一下吧&#xff01;关机提示 windows7 正在配…...

    2022/11/19 21:17:05
  36. 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...

    钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...

    2022/11/19 21:17:05
  37. 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...

    前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了&#xff0c;具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面&#xff0c;长时间没反应&#xff0c;无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过&#xff0c;网上搜了不少资料&#x…...

    2022/11/19 21:17:04
  38. 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...

    本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法&#xff0c;并在最后教给你1种保护系统安全的好方法&#xff0c;一起来看看&#xff01;电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中&#xff0c;添加了1个新功能在“磁…...

    2022/11/19 21:17:03
  39. 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...

    许多用户在长期不使用电脑的时候&#xff0c;开启电脑发现电脑显示&#xff1a;配置windows更新失败&#xff0c;正在还原更改&#xff0c;请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢&#xff1f;下面小编就带着大家一起看看吧&#xff01;如果能够正常进入系统&#xff0c;建议您暂时移…...

    2022/11/19 21:17:02
  40. 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...

    配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#xff0c;电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容&#xff0c;让我们赶快一起来看一下吧&#xff01;配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...

    2022/11/19 21:17:01
  41. 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...

    不知道大家有没有遇到过这样的一个问题&#xff0c;就是我们的win7系统在关机的时候&#xff0c;总是喜欢显示“准备配置windows&#xff0c;请勿关机”这样的一个页面&#xff0c;没有什么大碍&#xff0c;但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机&#xff0c;非常…...

    2022/11/19 21:17:00
  42. 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...

    当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时&#xff0c;一般是您正对windows进行升级&#xff0c;但是这个要是长时间没有反应&#xff0c;我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了&#xff0c;来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...

    2022/11/19 21:16:59
  43. 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...

    我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况&#xff0c;当我们打开电脑之后&#xff0c;发现一直停留在一个界面&#xff1a;“配置Windows Update失败&#xff0c;还原更改请勿关闭计算机”&#xff0c;等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢&#xff0…...

    2022/11/19 21:16:58
  44. 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”

    Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...

    2022/11/19 21:16:57