1.biopython--简介
biopython简介
biopython和bioperl, biojava项目类似,都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一,旨在提供一个编程接口,方便生物信息数据的处理。
Python (http://www.python.org) 是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言,在计算机科学中日益流行。Python易学,语法明晰,并且能很容易的使用以C,C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。
Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线的 资源库,包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。一般来讲,Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类,从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST, Clustalw, FASTA, Genbank…),访问在线的服务器(NCBI,Expasy…),常见和不那么常见程序的接口(Clustalw, DSSP,MSMS…),标准的序列类,各 种收集的模块,KD树数据结构等等,还有一些文档。
原文链接:https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82254683
biopython主要功能
- 将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构,包含以下支持的格式:
- Blast输出结果 – standalone和在线Blast
- Clustalw
- FASTA
- GenBank
- PubMed和Medline
- ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite
- SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件
- UniGene
- SwissProt
被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引。
- 处理常见的生物信息学在线数据库的代码:
- NCBI – Blast, Entrez和PubMed服务
- ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目, 包括Prosite搜索
常见生物信息学程序的接口,例如: - NCBI的Standalone Blast
- Clustalw比对程序
- EMBOSS命令行工具
- 一个能处理序列、ID和序列特征的标准序列类。
- 进化树的构建
- 基因组数据的可视化
- 对序列实现常规操作的工具,如翻译,转录和权重计算。
- 利用k最近邻接、Bayes或SVM对数据进行分类的代码。
- 处理比对的代码,包括创建和处理替换矩阵的标准方法。
- 分发并行任务到不同进程的代码。
- 实现序列的基本操作,翻译以及BLAST等功能的GUI程序。
- 使用这些模块的详细文档和帮助,包括此文件,在线的wiki文档,网站和邮件列表。
- 整合BioSQL,一个也被BioPerl和BioJava支持的数据库架构。
原文链接:https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82254683
常用模块
biopython采用了面向对象的开发模式,将各个功能封装成了不同的class。学习biopython, 就是对不同class及其方法的学习过程。为了方便管理源代码,根据不同功能分拆成了不同的子模块,常用的子模块有以下几个
-
Bio.Seq, 提供了Seq类,即生物学序列对象,最常见的就是碱基或者核酸序列,比如fasta文件中保存的序列
-
Bio.SeqRecord, 提供了SeqRecord类,包含了序列的注释信息,比如fasta文件中的序列标识符
-
Bio.SeqIO, 提供了parse方法,来读取不同格式的序列文件,比如fasta/genebank等格式
-
Bio.Align, 提供了MultipleSeqAlignment对象,以及读取多序列比输出结果文件的方法
-
Bio.Blast, 提供了运行blast比对软件的方法,以及解析blast输出结果的方法
-
Bio.Entrez, 提供了NCBI Entrez 系统的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容
-
Bio.SwissPort, 提供了Swiss-prot数据库的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容
-
Bio.PDB, 提供了PDB数据库的接口,可以查询,检索,下载, 解析数据库中的内容
-
Bio.Phylo, 提供了查看系统发育树和可视化的各种方法
-
Bio.Graphics, 提供了基因组数据的可视化功能
原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/111714256
安装
conda install biopython #or
pip install biopython
import Bio
中文文档地址
https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/
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关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!关机提示 windows7 正在配…...
2022/11/19 21:17:05 - 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...
钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...
2022/11/19 21:17:05 - 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...
前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了,具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面,长时间没反应,无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过,网上搜了不少资料&#x…...
2022/11/19 21:17:04 - 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...
本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法,并在最后教给你1种保护系统安全的好方法,一起来看看!电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中,添加了1个新功能在“磁…...
2022/11/19 21:17:03 - 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...
许多用户在长期不使用电脑的时候,开启电脑发现电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢?下面小编就带着大家一起看看吧!如果能够正常进入系统,建议您暂时移…...
2022/11/19 21:17:02 - 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...
配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...
2022/11/19 21:17:01 - 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...
不知道大家有没有遇到过这样的一个问题,就是我们的win7系统在关机的时候,总是喜欢显示“准备配置windows,请勿关机”这样的一个页面,没有什么大碍,但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机,非常…...
2022/11/19 21:17:00 - 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...
当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时,一般是您正对windows进行升级,但是这个要是长时间没有反应,我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了,来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...
2022/11/19 21:16:59 - 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...
我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况,当我们打开电脑之后,发现一直停留在一个界面:“配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机”,等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢࿰…...
2022/11/19 21:16:58 - 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”
Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...
2022/11/19 21:16:57