原始数据：以position为横坐标，对一组和二组分别做折线

代码如下

library('ggplot2')

getwd()
workdir="C:/Users/lyqro/Desktop"
file="C:/Users/lyqro/Desktop/final_data.csv"
setwd(workdir)

dat=read.table(file,sep=",",check.names=F,header=T)
head(dat,10)

关键：两个折线图叠加
p_line=ggplot(dat)+geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,3]),color="blue")
p_line

散点图同上：两个点图叠加即可
p_point=ggplot(dat)+geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,3]),color="blue")
p_point

折线图+散点图（结合），也同理

p_point=ggplot(dat)+geom_line(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="red")+geom_point(aes(x=dat[,1],y=dat[,2]),color="blue")
p_point