图数据可视化_R语言ggplot2包和tidybayes包绘制小提琴图进阶
图数据可视化_R语言ggplot2包和tidybayes包绘制小提琴图进阶
概述:绘制小提琴图时按数据分布的密度填充不同透明度的颜色(渐变填充)。
使用工具:R语言中的ggplot2和tidybayes工具包
本文使用的数据及计算方式与之前的博文一致:数据可视化——R语言ggplot2包绘制精美的小提琴图(并箱线图或误差条图组合)。
本文采用tidybayes包中stat_eye()绘制小提琴图,通过设置aes(alpha = stat(f)可实现渐变填充。由于stat_eye()会默认采用中位数及分位数作为误差条,本文采用均值±标准差的形式呈现误差条,因此屏蔽了stat_eye()默认的误差条显示:设置show_interval = FALSE。与前文一致,本文也用tidybayes包绘制分半的小提琴图,并渐变填充。
小提琴图结合误差条图用于表达数据的代码如下:
rm(list=ls()) #清除工作区
library(ggplot2)set.seed(1234)
#生成模拟数据
Group <- rep(c("group1","group2"),each=200) #组别变量
Group <- factor(Group) #组别因子化
Attribute <- c(rep("Attribute_1",100),rep("Attribute_2",100),rep("Attribute_1",100),rep("Attribute_2",100)) #每个组别的两个属性
Attribute <- factor(Attribute) #属性因子化
value <- c(rnorm(100)+1,rnorm(100)+2,rnorm(100)+1.2,rnorm(100)+1.5) #随机赋值Data <- data.frame(Group=Group,Attribute=Attribute,value=value) #生成数据框#对数据进行统计的函数
#指定分组变量和求值变量后,可计算出不同分组变量(或分组变量间的组合)对应的求值变量的均值,标准差,标准误,置信区间ci#汇总数据
#计算出计数,平均值,标准差,均值的标准误差和置信区间(默认为95%)
#data:一个数据框
#measurevar:包含要汇总的变量的列的名称
#groupvars:包含分组变量的列名称的向量
#na.rm:一个布尔值,表示是否忽略NA
## conf.interval:置信区间的百分比范围(默认为95%)## Summarizes data.
## Gives count, mean, standard deviation, standard error of the mean, and confidence interval (default 95%).
## data: a data frame.
## measurevar: the name of a column that contains the variable to be summariezed
## groupvars: a vector containing names of columns that contain grouping variables
## na.rm: a boolean that indicates whether to ignore NA's
## conf.interval: the percent range of the confidence interval (default is 95%)
summarySE <- function(data=NULL, measurevar, groupvars=NULL, na.rm=FALSE,conf.interval=.95, .drop=TRUE) {library(plyr)# New version of length which can handle NA's: if na.rm==T, don't count themlength2 <- function (x, na.rm=FALSE) {if (na.rm) sum(!is.na(x))else length(x)}# This does the summary. For each group's data frame, return a vector with# N, mean, and sddatac <- ddply(data, groupvars, .drop=.drop,.fun = function(xx, col) {c(N = length2(xx[[col]], na.rm=na.rm),mean = mean (xx[[col]], na.rm=na.rm),sd = sd (xx[[col]], na.rm=na.rm))},measurevar)# Rename the "mean" column datac <- rename(datac, c("mean" = measurevar))datac$se <- datac$sd / sqrt(datac$N) # Calculate standard error of the mean# Confidence interval multiplier for standard error# Calculate t-statistic for confidence interval: # e.g., if conf.interval is .95, use .975 (above/below), and use df=N-1ciMult <- qt(conf.interval/2 + .5, datac$N-1)datac$ci <- datac$se * ciMultreturn(datac)
}#依据分组对vale进行统计
Data_summary <- summarySE(Data, measurevar="value", groupvars=c("Group","Attribute"))P1 <- ggplot(Data, aes(x=Group, y=value,fill=Attribute)) + stat_eye(aes(alpha = stat(f)), show_interval = FALSE, trim=FALSE, position=position_dodge(0.9)) + #alpha = stat(f)表示按照数据分布密度选择不同同透明度的颜色填充geom_point(data = Data_summary,aes(x=Group, y=value),pch=19,position=position_dodge(0.9),size=1.5)+ #绘制均值为点图geom_errorbar(data = Data_summary,aes(ymin = value-sd, ymax=value+sd), #误差条表示均值±标准差width=0.1, #误差条末端短横线的宽度position=position_dodge(0.9), color="black",alpha = 0.7,size=0.5) +scale_fill_manual(values = c("#56B4E9", "#E69F00"))+ #设置填充的颜色theme_classic()+theme(legend.position="none") #不需要图例P1
jpeg(file = "results_Value_1.jpg",width =1600,height = 2000,units = "px",res =300) #结果保存
print(P1)
dev.off()
效果如如下:
分半的小提琴图结合误差条图的代码如下:
P2 <- ggplot(Data, aes(x=Group, y=value,fill=Attribute)) + stat_halfeye(data = Data[Attribute == "Attribute_1",],aes(alpha = stat(f)), show_interval = FALSE, trim=FALSE,side = "left", width = 0.4) +stat_halfeye(data = Data[Attribute == "Attribute_2",],aes(alpha = stat(f)), show_interval = FALSE, trim=FALSE,side = "right", width = 0.4) +geom_point(data = Data_summary,aes(x=Group, y=value),pch=19,position=position_dodge(0.5),size=1.5)+ #绘制均值为点图geom_errorbar(data = Data_summary,aes(ymin = value-sd, ymax=value+sd), #误差条表示均值±标准差width=0.1, #误差条末端短横线的宽度position=position_dodge(0.5), color="black",alpha = 0.7,size=0.5) +scale_fill_manual(values = c("#56B4E9", "#E69F00"))+ #设置填充的颜色theme_classic()+theme(legend.position="none") #不需要图例P2
jpeg(file = "results_Value_2.jpg",width =1600,height = 2000,units = "px",res =300) #结果保存
print(P2)
dev.off()
效果图如下:
绘制分半小提琴图时,Attribute_1的数据采用左半边显示,Attribute_2的数据采用右半边显示,因此,绘制时分两次绘制,但需要控制每次输入的数据,如绘制左边时,仅将Attribute == "Attribute_1"的数据作为输入。
tidybayes包提供了多种用于表示数据分布的绘图方式,包括:小提琴图,分半小提琴图,概率密度图、直方图等多种形式,还可以灵活设置垂直方向或水平方向显示。示例图如下所示。
tidybayes包的更多学习资料请参考:https://mjskay.github.io/tidybayes/articles/slabinterval.html
采用tidybayes包中的stat_ gradient interval()呈现数据的方式如下:
P3 <- ggplot(Data, aes(x=Group, y=value,fill=Attribute)) + stat_gradientinterval(aes(alpha = stat(f)), show_interval = FALSE, trim=FALSE,position=position_dodge(0.5), width = 0.5) +geom_point(data = Data_summary,aes(x=Group, y=value),pch=19,position=position_dodge(0.5),size=1.5)+ #绘制均值为点图geom_errorbar(data = Data_summary,aes(ymin = value-sd, ymax=value+sd), #误差条表示均值±标准差width=0.1, #误差条末端短横线的宽度position=position_dodge(0.5), color="black",alpha = 0.7,size=0.5) +scale_fill_manual(values = c("#56B4E9", "#E69F00"))+ #设置填充的颜色theme_classic()+theme(legend.position="none") #不需要图例P3
jpeg(file = "results_Value_3.jpg",width =1600,height = 2000,units = "px",res =300) #结果保存
print(P3)
dev.off()
效果图如下:
References
- Slab + interval stats and geoms:https://mjskay.github.io/tidybayes/articles/slabinterval.html
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%读入6幅图像(每一幅图像的大小是564*564) f1 imread(WashingtonDC_Band1_564.tif); subplot(3,2,1),imshow(f1); f2 imread(WashingtonDC_Band2_564.tif); subplot(3,2,2),imshow(f2); f3 imread(WashingtonDC_Band3_564.tif); subplot(3,2,3),imsho…...
2022/11/19 21:17:16 - 配置 已完成 请勿关闭计算机,win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机...
win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机”问题的解决方法在win7系统关机时如果有升级系统的或者其他需要会直接进入一个 等待界面,在等待界面中我们需要等待操作结束才能关机,虽然这比较麻烦,但是对系统进行配置和升级…...
2022/11/19 21:17:15 - 台式电脑显示配置100%请勿关闭计算机,“准备配置windows 请勿关闭计算机”的解决方法...
有不少用户在重装Win7系统或更新系统后会遇到“准备配置windows,请勿关闭计算机”的提示,要过很久才能进入系统,有的用户甚至几个小时也无法进入,下面就教大家这个问题的解决方法。第一种方法:我们首先在左下角的“开始…...
2022/11/19 21:17:14 - win7 正在配置 请勿关闭计算机,怎么办Win7开机显示正在配置Windows Update请勿关机...
置信有很多用户都跟小编一样遇到过这样的问题,电脑时发现开机屏幕显现“正在配置Windows Update,请勿关机”(如下图所示),而且还需求等大约5分钟才干进入系统。这是怎样回事呢?一切都是正常操作的,为什么开时机呈现“正…...
2022/11/19 21:17:13 - 准备配置windows 请勿关闭计算机 蓝屏,Win7开机总是出现提示“配置Windows请勿关机”...
Win7系统开机启动时总是出现“配置Windows请勿关机”的提示,没过几秒后电脑自动重启,每次开机都这样无法进入系统,此时碰到这种现象的用户就可以使用以下5种方法解决问题。方法一:开机按下F8,在出现的Windows高级启动选…...
2022/11/19 21:17:12 - 准备windows请勿关闭计算机要多久,windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机怎么办...
有不少windows10系统用户反映说碰到这样一个情况,就是电脑提示正在准备windows请勿关闭计算机,碰到这样的问题该怎么解决呢,现在小编就给大家分享一下windows10系统提示正在准备windows请勿关闭计算机的具体第一种方法:1、2、依次…...
2022/11/19 21:17:11 - 配置 已完成 请勿关闭计算机,win7系统关机提示“配置Windows Update已完成30%请勿关闭计算机”的解决方法...
今天和大家分享一下win7系统重装了Win7旗舰版系统后,每次关机的时候桌面上都会显示一个“配置Windows Update的界面,提示请勿关闭计算机”,每次停留好几分钟才能正常关机,导致什么情况引起的呢?出现配置Windows Update…...
2022/11/19 21:17:10 - 电脑桌面一直是清理请关闭计算机,windows7一直卡在清理 请勿关闭计算机-win7清理请勿关机,win7配置更新35%不动...
只能是等着,别无他法。说是卡着如果你看硬盘灯应该在读写。如果从 Win 10 无法正常回滚,只能是考虑备份数据后重装系统了。解决来方案一:管理员运行cmd:net stop WuAuServcd %windir%ren SoftwareDistribution SDoldnet start WuA…...
2022/11/19 21:17:09 - 计算机配置更新不起,电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?
原标题:电脑提示“配置Windows Update请勿关闭计算机”怎么办?win7系统中在开机与关闭的时候总是显示“配置windows update请勿关闭计算机”相信有不少朋友都曾遇到过一次两次还能忍但经常遇到就叫人感到心烦了遇到这种问题怎么办呢?一般的方…...
2022/11/19 21:17:08 - 计算机正在配置无法关机,关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机...
关机提示 windows7 正在配置windows 请勿关闭计算机 ,然后等了一晚上也没有关掉。现在电脑无法正常关机以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!关机提示 windows7 正在配…...
2022/11/19 21:17:05 - 钉钉提示请勿通过开发者调试模式_钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用...
钉钉请勿通过开发者调试模式是真的吗好不好用 更新时间:2020-04-20 22:24:19 浏览次数:729次 区域: 南阳 > 卧龙 列举网提醒您:为保障您的权益,请不要提前支付任何费用! 虚拟位置外设器!!轨迹模拟&虚拟位置外设神器 专业用于:钉钉,外勤365,红圈通,企业微信和…...
2022/11/19 21:17:05 - 配置失败还原请勿关闭计算机怎么办,win7系统出现“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”,长时间没反应,无法进入系统的解决方案...
前几天班里有位学生电脑(windows 7系统)出问题了,具体表现是开机时一直停留在“配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机”这个界面,长时间没反应,无法进入系统。这个问题原来帮其他同学也解决过,网上搜了不少资料&#x…...
2022/11/19 21:17:04 - 一个电脑无法关闭计算机你应该怎么办,电脑显示“清理请勿关闭计算机”怎么办?...
本文为你提供了3个有效解决电脑显示“清理请勿关闭计算机”问题的方法,并在最后教给你1种保护系统安全的好方法,一起来看看!电脑出现“清理请勿关闭计算机”在Windows 7(SP1)和Windows Server 2008 R2 SP1中,添加了1个新功能在“磁…...
2022/11/19 21:17:03 - 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...
许多用户在长期不使用电脑的时候,开启电脑发现电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢?下面小编就带着大家一起看看吧!如果能够正常进入系统,建议您暂时移…...
2022/11/19 21:17:02 - 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...
配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...
2022/11/19 21:17:01 - 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...
不知道大家有没有遇到过这样的一个问题,就是我们的win7系统在关机的时候,总是喜欢显示“准备配置windows,请勿关机”这样的一个页面,没有什么大碍,但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机,非常…...
2022/11/19 21:17:00 - 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...
当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时,一般是您正对windows进行升级,但是这个要是长时间没有反应,我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了,来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...
2022/11/19 21:16:59 - 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...
我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况,当我们打开电脑之后,发现一直停留在一个界面:“配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机”,等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢࿰…...
2022/11/19 21:16:58 - 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”
Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...
2022/11/19 21:16:57