多组学分析及可视化R包
文章来源:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12597907.html
1. mixOmics
应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高。
官网:http://mixomics.org/
文章:mixOmics: An R package for ‘omics feature selection and multiple data integration
Github:https://github.com/mixOmicsTeam/mixOmics
Bookdown:https://mixomicsteam.github.io/Bookdown/
特点:
- 组学数据广,基因/转录/蛋白/代谢都有涉及(是我的榜样);
- 独特的多变量降维分析和可视化方法(我统计没学好,所以不做太多统计方法,重点在于可视化,包括多种关联角度的展示方式)。
主要内容:
统计方法:PCA/IPCA/CCA/PLS/PLS-DA/MixMC/MINT/DIABLO
可视化:2D和3D散点图/相关性网络/聚类/相关性圈图/箭头图/DIABLO圈图/载荷图
此外,这个包还自带了不少demo数据,具体可看官方文档。
2. tRanslatome
2014年就发表了,好在一直都有维护。
文章:tRanslatome: an R/Bioconductor package to portray translational control
Bioconductor:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tRanslatome.html
作者博客:http://www.mybiosoftware.com/tag/translatome
Github:https://github.com/tomateba/tRanslatome(五年前的源码)
特点:
- 组学:主要是针对基因表达量的关联,包括转录组、翻译组和蛋白组;
- 统计方法:Rank Product, Translational Efficiency, t-test, Limma, ANOTA, DESeq, edgeR
- 可视化:scatterplots, histograms, MA plots, standard deviation (SD) plots, coefficient of variation (CV) plots
3. OmicsARules
最近新出的一个R包,创建了一种新的关联方法。
文章:OmicsARules: a R package for integration of multi-omics datasets via association rules mining
Github:https://github.com/BioinformaticsSTU/OmicsARules
特点:
- 主要针对基因组和转录组数据,包括基因突变位点和非编码RNA;
- 发明一种Lamda3的度量方法创建关联规则,可视化不是重点。
4. iCluster / iClusterPlus
十年前开发的iCluster算法(联合潜在变量模型),针对癌症数据多组学聚类。去年的时候又开发了一个新的iClusterPlus包,做了一些升级。
文章1:Integrative clustering of multiple genomic data types using a joint latent variable model with application to breast and lung cancer subtype analysis
Github:https://github.com/cran/iCluster
Bioconductor:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/iClusterPlus.html
文章2:A fully Bayesian latent variable model for integrative clustering analysis of multi-type omics data
这种基于模型算法的工具我只能望洋兴叹,会用就不错了。
5. integrOmics
十多年的工具,虽然当年发了Bioinformatics,后面没有维护更新,废了。
文章:integrOmics: an R package to unravel relationships between two omics datasets
Github:https://github.com/cran/integrOmics
6. moCluster
这也是一种算法,和icluster类似,主要整合数据聚类,用于细胞或疾病分子分型等。应用场景相对比较单一。
7. MCIA
这个包又可称omicade4: Multiple co-inertia analysis of omics datasets,即多元协惯量分析。一种多元统计分析方法,类似于PCA的展示吧,比较有限。
Bioconductor:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/omicade4.html
Github:https://github.com/aedin/omicade4
8. 其他
其他还有不少R包做组学数据整合,或是基于新的算法,或是仅针对基因突变和基因表达关系等方面进行关联,相对而言比较冷门,如:
- CNAmet
- PLRS
- NuChart
- MOO
- Mergeeomics(这个包主要做GWAS/TWAS/EWAS/eQTL等,有点意思)
除了以上常用的R包,更多的多组学工具和方法可参考这一篇综述:https://jme.bioscientifica.com/view/journals/jme/62/1/JME-18-0055.xml
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2022/11/19 21:17:03 - 请勿关闭计算机还原更改要多久,电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机怎么办...
许多用户在长期不使用电脑的时候,开启电脑发现电脑显示:配置windows更新失败,正在还原更改,请勿关闭计算机。。.这要怎么办呢?下面小编就带着大家一起看看吧!如果能够正常进入系统,建议您暂时移…...
2022/11/19 21:17:02 - 还原更改请勿关闭计算机 要多久,配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以...
配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机,电脑开机后一直显示以以下文字资料是由(历史新知网www.lishixinzhi.com)小编为大家搜集整理后发布的内容,让我们赶快一起来看一下吧!配置windows update失败 还原更改 请勿关闭计算机&#x…...
2022/11/19 21:17:01 - 电脑配置中请勿关闭计算机怎么办,准备配置windows请勿关闭计算机一直显示怎么办【图解】...
不知道大家有没有遇到过这样的一个问题,就是我们的win7系统在关机的时候,总是喜欢显示“准备配置windows,请勿关机”这样的一个页面,没有什么大碍,但是如果一直等着的话就要两个小时甚至更久都关不了机,非常…...
2022/11/19 21:17:00 - 正在准备配置请勿关闭计算机,正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了解决教程...
当电脑出现正在准备配置windows请勿关闭计算机时,一般是您正对windows进行升级,但是这个要是长时间没有反应,我们不能再傻等下去了。可能是电脑出了别的问题了,来看看教程的说法。正在准备配置windows请勿关闭计算机时间长了方法一…...
2022/11/19 21:16:59 - 配置失败还原请勿关闭计算机,配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机...
我们使用电脑的过程中有时会遇到这种情况,当我们打开电脑之后,发现一直停留在一个界面:“配置Windows Update失败,还原更改请勿关闭计算机”,等了许久还是无法进入系统。如果我们遇到此类问题应该如何解决呢࿰…...
2022/11/19 21:16:58 - 如何在iPhone上关闭“请勿打扰”
Apple’s “Do Not Disturb While Driving” is a potentially lifesaving iPhone feature, but it doesn’t always turn on automatically at the appropriate time. For example, you might be a passenger in a moving car, but your iPhone may think you’re the one dri…...
2022/11/19 21:16:57